Una maggiore efficienza nell’uso delle risorse è una proprietà emergente dei sistemi agroecologici che pianificano e gestiscono attentamente la diversità per creare sinergie tra i diversi componenti del sistema. Ad esempio, una sfida di efficienza chiave è rivolta al fatto che attualmente, a livello globale, meno del 50% dei fertilizzanti azotati aggiunti  ai terreni coltivati ​​viene convertito in prodotti raccolti e il resto viene disperso nell’ambiente causando gravi problemi ambientali.

I sistemi agroecologici migliorano l’uso delle risorse naturali, in particolare quelle abbondanti e libere, come radiazioni solari, carbonio atmosferico e azoto. Migliorando i processi biologici e riciclando biomassa, sostanze nutritive e acqua, le piante sono in grado di utilizzare un minor numero di risorse esterne, riducendo i costi e gli impatti ambientali negativi del loro utilizzo. In definitiva, la riduzione della dipendenza dalle risorse esterne consente alle piante di aumentare la loro autonomia e resilienza agli shock naturali o economici.

Un modo per misurare l’efficienza dei sistemi integrati è l’utilizzo dei Land Equivalent Ratios (LER). Il LER confronta i rendimenti derivanti dalla crescita di due o più componenti (ad esempio colture, alberi, animali) rispetto ai rendimenti derivanti dalla crescita degli stessi componenti nelle monocolture. I sistemi agroecologici integrati dimostrano frequentemente LER più elevati.

L’agroecologia promuove quindi i sistemi agricoli con la necessaria diversità biologica, socioeconomica e istituzionale, intercalata nel tempo e nello spazio per raggiungere una maggiore efficienza.